El CD Isla Cristina vivió durante más de cincuenta años desde su creación en el 1934 hasta su desaparición en 1999, que llevó a la creación del actual Isla Cristina FC que milita en División de Honor Senior Andaluza después del ascenso conseguido durante la pasada campaña.
Hasta llegados los años noventa del pasado siglo XX, el conjunto isleño habían pasado la mayor parte de su historia en el fútbol regional, pero de repente todo cambió.
En 1994, los amarillos ascendieron a Tercera División y tan solo tres años más tarde, los onubenses conseguirían un hecho histórico tras promocionar a la extinta Segunda División 'B'.
Aquella temporada, Paco Chaparro era el encargado de dirigir la nave amarilla en la categoría de bronce del fútbol español. En aquella plantilla aparecían nombres como Lozano, Corbacho, Biri o un jovencísimo Fernando Sales, que llegó a disputar unos 149 partidos en Primera División en las filas del Real Valladolid y del Sevilla FC con el que ganó la Copa de la UEFA y la Supercopa de Europa en 2006.
Debut soñado el del conjunto isleño en Segunda B, tras conseguir una holgada salvación que les permitió codearse con la zona noble de la tabla y vivir sin apuros para salvarse a pesar de ser uno de los rookies de la categoría en aquella temporada.
Pero, esto no fue lo más inusual de esa campaña 97 / 98 en la que el Club Deportivo Isla Cristina hizo historia. En la ronda de 1 /64, los onubenses se veían la car con un club vecino, el Sevilla, que estaba pasando los peores momentos de su historia codeándose con la Segunda División.
El club onubense no pudo jugar la ida en su casa debido a que el estadio no cumplía con lo establecido para la práctica en la competición nacional y, por lo tanto, el choque tuvo que jugarse en el Estadio Ciudad de Lepe donde juegan los vecinos del San Roque de Lepe.
A todo esto, el resultado algo ajustado terminó con un previsible triunfo para los hispalenses que se llevaron un uno a dos en esta primera parte de la eliminatoria. Pero, en la vuelta saltó la sorpresa y con mayúsculas a pesar del gol inicial del sevillista Lawaree en el minuto diez el partido de vuelta.
Garrido y Benito hicieron el empate y el uno a dos antes del descanso, a pesar de la expulsión de uno de los hombres de Chaparro. Pero, el sueño se desvanecía con gol de Tsratas que empataba el partido y ponía la eliminatoria a favor del Sevilla. Entonces, a catorce minutos del final, Mariano no dudó ante la salida de Monchi y se la picó pineno el dos a tres en el luminoso y consiguiendo un histórico pase a la siguiente ronda.
En 1/32, el Isla Cristina se enfrentó con el Recreativo de Huelva, pero fue incapaz de ganar y se quedó en esta fase de la competición después de caer por dos a cero.
Todo se iba a terminar al año siguiente, cuando las deudas, más de 20 millones de pesetas, hicieron imposible la sostenibilidad económica del conjunto isleño y llevó a la desaparición del mismo impidiendo disfrutar a sus aficionados del mejor equipo de su historia. Entonces, desapareció el CD Isla Cristina y nació el Isla Cristina FC, que compite desde 1999 con el sueño de algún día igualar lo que hicieron sus predecesores.
